Do zadań Referatu należą sprawy związane z ochroną tajemnicy państwowej i służbowej a w szczególności:
- Zapewnienie ochrony informacji niejawnych,
- Ochrona systemów i sieci informatycznych,
- Zapewnienie ochrony fizycznej Urzędu,
- Kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji,
- Okresowa kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów,
- Opracowanie planu ochrony Urzędu i nadzorowanie jego realizacji,
- Szkolenie pracowników w zakresie ochrony informacji niejawnych.